Die molekulare Phylogenetik nutzt eine Mischung aus molekularen und statistischen Methoden, um evolutionäre Verbindungen zwischen Lebewesen oder Genen herzustellen. Das wesentliche Ziel molekularer phylogenetischer Studien besteht darin, die Reihenfolge transformativer Ereignisse wiederherzustellen und sie in Entwicklungsbäumen darzustellen, die Verbindungen zwischen Arten oder Genen nach einiger Zeit grafisch veranschaulichen. Die im Rahmen der klassizistischen Forschung verwendeten Strategien sind sowohl für molekulare als auch für morphologische Merkmale dieselben. Molekulare Daten liefern einige interessante Punkte. Zunächst einmal bietet molekulare Information eine umfangreiche und im Grunde unbegrenzte Anordnung von Zeichen. Theoretisch kann jede Nukleotidposition als Zeichen betrachtet und als frei angesehen werden. Die DNA eines jeden Lebewesens weist Millionen bis Milliarden von Nukleotidpositionen auf. Darüber hinaus ist es angesichts der enormen Größe des Genoms weit hergeholt, dass die natürliche Selektion die Veränderungen an einem bestimmten Nukleotid stark vorantreibt. Vielmehr sind die meisten Nukleotidveränderungen durch natürliche Selektion „unauffällig“ und unterliegen lediglich Mutationen und zufälliger genetischer Drift.
Zeitschrift zur Molekularen Phylogenetik
Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology, International Journal of Swarm Intelligence and Evolutionary Computation, Journal of Proteomics & Bioinformatics, Journal of Applied Bioinformatics & Computational Biology, Recent Molecular Phylogenetics and Evolution, Molecular Phylogenetics and Evolution, Journal of Phylogenetics & Evolutionary Biology, Molekulare Systematik und Phylogenetik, Arthropodensystematik und Phylogenie.