Mikrobielle Pilze sind die meisten phytopathogenen Pilze und gehören zu den Ascomyceten und Basidiomyceten. Biotrophe Pilzpathogene besiedeln lebendes Pflanzengewebe und beziehen Nährstoffe aus lebenden Wirtszellen. Pilzkrankheiten sind sowohl weiter verbreitet als auch zerstörerischer als die anderen Pflanzenkrankheiten; Sie schmälern die Ernteerträge und verringern die Qualität der Ernte erheblich. Außerdem verkürzen sie die produktive Lebensdauer von Obstbäumen und Beerenfeldern.
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