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Volumen 7, Ausgabe 5 (2022)

Kommentar

Spezifisches DNA-Methylierungsmuster bei Hühnerlampenbürsten

Alla Benjamin

Die DNA-Methylierung ist an der Kontrolle der Transkription und Replikation, der entwicklungsbedingten Neuprogrammierung, der Stilllegung von Retroelementen und anderen genomischen Aktivitäten beteiligt und stellt einen entscheidenden epigenetischen Regulationsmechanismus dar. Damit während der Entwicklung von Säugetieren eine Embryonalentwicklung stattfinden kann, muss in den Keimzellen ein bestimmtes DNA-Methylierungsmuster geschaffen werden. Bei anderen Tieren ist die DNA-Methylierung in Keimzellen weniger gut verstanden. Um diese Lücke zu schließen, untersuchten wir das Einzelzellmethylom von Diplotän-Oozyten von Hühnern. Wir entwickelten eine methylierungsbasierte Segmentierung des Hühnergenoms und entdeckten methylierte Genpromotoren, die ausschließlich in Oozyten vorkommen, nachdem wir die Methylierungsmuster in diesen Zellen gründlich charakterisiert hatten. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Methylierungsmuster in diesen Zellen die in somatischen Geweben beobachtete Chromosomenverteilung genau widerspiegeln, trotz der Schaffung einer bestimmten transkriptionell hyperaktiven Genomarchitektur in Diplotän-Oozyten von Hühnern.

Kleiner Rückblick

Entwicklung molekularer Marker in medizinischen Salvia-Arten

Yang Liu

Wir verwendeten die Illumina Hiseq 2500-Technologie, um die Chloroplastengenome von Salvia bowleyana , S. splendens und S. officinalis zu sequenzieren , um ihre evolutionären Beziehungen gründlich zu ermitteln und molekulare Marker für die Artenklassifizierung zu erstellen. S. bowleyana , S. splendens und S. officinalis hatten alle Chloroplastengenome mit einer Länge von 151.387, 150.604 bzw. 151.163 Basenpaaren. Die IR-Bereiche enthielten die sechs Gene ndhB, rpl2, rpl23, rps7, rps12 und ycf2. Es gibt 29 Tandemwiederholungen, 35 einfache Sequenzwiederholungen, 24 einfache Sequenzwiederholungen und 47, 49, 40 eingestreute Wiederholungen in den Chloroplastengenomen von S. bowleyana , S. splendens und S. officinalis . Die 23 Salvia -Arten konnten anhand der drei unterschiedlichen intergenischen Sequenzen (IGS) rps16-trnQ-UUG, trnL-UAA-trnF-GAA und trnM-CAU-atpE unterschieden werden. Durch genetische Distanzanalyse konnten insgesamt 91 intergenische Spacer-Sequenzen identifiziert werden. Die beiden spezifischen IGS-Bereiche (ycf3-trnS-GGA und trnG-GCC-trnM-CAU) weisen die höchsten K2p-Werte unter den drei untersuchten Salvia- Arten auf. Der phylogenetische Baum zeigte auch, dass die 23 Salvia -Arten eine monophyletische Gruppe bildeten. Die Entdeckung von zwei Sätzen gattungsspezifischer DNA-Barcode-Primer. Die Erkenntnisse werden eine solide Grundlage für das Verständnis der phylogenetischen Klassifizierung der drei Salvia -Arten bilden. Darüber hinaus können die einzigartigen intergenischen Regionen die Möglichkeit bieten, Salvia -Arten sowohl phänotypisch als auch anhand der Differenzierung von Gensegmenten zu unterscheiden .

Kurze Kommunikation

Verbindungen von DNA mit Lysozym

Nikolai Noskow

Zur Untersuchung der Wechselwirkungen von DNA mit Lysozym in der Oberflächenschicht wurden AFM, Ellipsometrie, Oberflächentensiometrie, Oberflächendilatationsrheologie und Infrarot-Reflexions-Absorptionsspektroskopie (IRRAS) eingesetzt (AFM). Unter einer dispergierten Lysozymschicht wurde eine wässrige Unterphase mit einer konzentrierten DNA-Lösung injiziert. Im Gegensatz zu DNA-Wechselwirkungen mit einer Monoschicht eines kationischen synthetischen Polyelektrolyten, bei denen sich die optischen Eigenschaften der Oberflächenschicht nach der DNA-Injektion schnell änderten, änderte sich die dynamische dilatative Oberflächenelastizität fast nicht. Dies deutet darauf hin, dass sich kein kontinuierliches Netzwerk von DNA/Lysozym-Komplexen gebildet hat. Der relativ schnelle Anstieg der optischen Signale nach einer DNA-Injektion hinter einer Lysozymschicht deutet darauf hin, dass die Diffusion die DNA-Penetration reguliert. Die AFM-Bilder zeigen die Entwicklung langer Stränge in der Oberflächenschicht bei geringem Oberflächendruck. Im Gegensatz zu einer gemischten Schicht aus DNA und synthetischen Polyelektrolyten führt eine erhöhte Oberflächenkompression zur Entstehung von Falten und Graten anstelle eines Netzwerks von DNA/Lysozym-Aggregaten. Wahrscheinlich sind schwächere Wechselwirkungen zwischen Lysozym und Duplex-DNA sowie die Stabilisierung von Schleifen ungepaarter Nukleotide bei hohen lokalen Lysozymkonzentrationen in der Oberflächenschicht die Ursache für die Entstehung ungeordneterer Aggregate.

Kleiner Rückblick

Immunglobulinrezeptoren und Antigen C erhöhen das Risiko einer chronischen Leberabstoßung

Miguel Bolarín

Chronische Lebervernichtung (CR) ist eine Reaktion auf die Tatsache, dass viele Patienten nicht auf eine verstärkte Immunsuppression reagieren. Interaktionen zwischen Killerzellen-Immunglobulin-ähnlichen Rezeptoren und humanen Leukozytenantigenen der Klasse I (KIR/HLA-I) deuten darauf hin, dass die Alloreaktivität von NK-Zellen vorhergesagt wird und die chronische Vernichtung des Lebertransplantats bewirkt. Ihre Bedeutung für die CR-Lebertransplantation bleibt jedoch umstritten. KIR- und HLA-Genotypen wurden in 513 Lebertransplantaten unter Verwendung sequenzspezifischer Oligonukleotid-Methoden (PCR-SSO) untersucht. KIRs, humane Leukozytenantigen-C-Genotypen (HLA-C), KIR-Qualitätskombinationen und das KIR/HLA-Ligand wurden in allgemeinen Transplantaten und CR (n=35) und keiner chronischen Vernichtung (NCR=478) untersucht und verglichen. Aktivierende KIR-Merkmale (aKIR) bei Patienten (rKIR2DS2+ und rKIR2DS3+) erhöhten die CR im Vergleich zu den NCR-Gruppen (p=0,013 und p=0,038). Die hemmenden KIR-Merkmale (iKIR) bei Patienten rKIR2DL2+ erhöhten die CR-Rate im Vergleich zu ihrer Nichtteilnahme signifikant (9,1 % gegenüber 3,7 %, p=0,020). KIR2DL3 erhöht die CR signifikant (13,1 % gegenüber 5,2 %; p=0,008). Es gab keine Auswirkungen auf die NCR. CR wurde bei HLA-I-Konflikten (MM) beobachtet. Der Mangel an HLA-C2-Liganden (dC2−) des Spenders (d) erhöht die CR im Vergleich zu ihrer Anwesenheit (13,1 % gegenüber 5,6 %; p=0,018). Eine enorme Zunahme der CR wurde bei rKIR2DL3+/dC1− (p=0,015), rKIR2DS4/dC1− (p=0,014) und rKIR2DL3+/rKIR2DS4+/dC1− (p=0,006) beobachtet.

Die Langzeitüberlebensdauer der Patienten war bei rKIR2DS1+rKIR2DS4+/dC1− 5-10 Jahre nach der Transplantation deutlich geringer. Diese Studie zeigt den Einfluss von rKIR/dHLA-C-Kombinationen und aKIR-Genmutationen auf die Entwicklung von CR und KIR2DS1+/C1-Liganden sowie den Einfluss von KIR2DS4+/C1-Liganden auf die Langzeitüberlebensdauer der Verbindung.

Perspektive

Schätzung einer vorläufigen Studie der Mikrostruktur des trabekulären Unterkieferknochens

Mohd Yusof

Das Ziel dieser Studie ist zweifach: erstens, die Werte aller Grenzen der trabekulären Knochenmikrostruktur (TBM) mit dem jeweiligen Alter und Geschlecht der Person zu verknüpfen, um dann mit der Bewertung wahrscheinlicher alters- und geschlechtsbezogener Veränderungen der Grenzen der trabekulären Knochenmikrostruktur im Unterkiefer zu arbeiten; und zweitens, die trabekulären Mikrostrukturgrenzen entsprechend dem jeweiligen Alter zu bewerten. Zwanzig Cone-Bar-registrierte tomographische (CBCT) Untersuchungen wurden reflektierend aus einem Datensatz erwachsener Patienten im Alter von 22 bis 43 Jahren gewonnen. Im Unterkiefer umfasste das Volumen von Interesse den Zahnzwischenraum zwischen dem zweiten Unterkieferprämolaren und dem ersten Unterkiefermolaren sowie den trabekulären Raum darunter und zwischen den Zahnspitzen. Unter Verwendung der Software Analyze Direct 14.0 wurden die DICOM-Bilder der CBCT-Untersuchungen vorverarbeitet, konvertiert, mithilfe einer intelligenten, kapazitätsgesteuerten Selbstlademethode aufgeteilt und gemessen. Darüber hinaus wurden TBM-Grenzen abgeleitet und eine statistische Analyse mithilfe eines Pearson-Korrelationtests mit zwei Enden durchgeführt. Alle Grenzen zeigten keine wirklich signifikanten Unterschiede (p>0,05) zwischen geordnetem Alter und Geschlecht. Es wurden statistisch signifikante negative Beziehungen zwischen Tb. N (r=−0,489), BS/Fernsehen (r=−0,527) und geordnetem Alter (p=0,029 und p=0,017, jeweils) festgestellt. Nur Tb. N und BS/Fernsehen zeigten eine umgekehrte Beziehung zum geordneten Alter. Mehrere Studien haben die trabekuläre Struktur der Kieferknochen untersucht, aber keine hat eine Beziehung zwischen den gemessenen trabekulären Grenzen und geordnetem Alter festgestellt. Die durch Röntgenbildgebung erstellten digitalen Gravuren können als biologische Profile für die Datenerfassung dienen.

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