Zeitschrift für Krankenpflege und Pflege

XdropTM - Gezielte Sequenzierung ermöglicht ins Dunkle und Unbekannte

Abstract

Peter Mouritzen

Zielsequenzierungsdaten werden nie besser sein als das während des gezielten Anreicherungsprozesses erzeugte Eingangsmaterial! Dies mag zwar trivial erscheinen, aber nur sehr wenige gezielte Anreicherungstechnologien ermöglichen es, die Integrität und Qualität der DNA während der Anreicherung aufrechtzuerhalten. Dies führt sowohl zu falsch positiven als auch zu falsch negativen Ergebnissen und kann die Schlussfolgerungen erheblich beeinflussen. Die Xdrop™-Technologie, ein neuartiges, auf automatisierter Mikrofluidik basierendes System zur gezielten Verbesserung, ermöglicht eine schnelle gezielte Verbesserung unter Beibehaltung der DNA-Qualität und macht es daher möglich, die mit anderen Verbesserungstechnologien einhergehenden alten Seltenheiten zu vermeiden. Hier zeigen wir, wie das Xdrop™-System zur Sequenzierung integrierter Viren und ihrer umgebenden unklaren Chromosomengruppen sowie langer GC-Wiederholungen verwendet wird, und wir zeigen die Stadienbestimmung von Krebsveränderungen anhand von Subnanogramm DNA. Abschnitte von 40–70 kb werden mithilfe von Illumina-, PacBio- und Oxford Nanopore-Sequenzierung bei hoher Einbeziehung optimiert und sequenziert. Abgesehen von den Xdrop™-Reagenzien werden zur Anreicherung einer Chromosomenregion nur 0,2–10 ng Eingangs-DNA und zwei benachbarte 20–25 bp-Primer verwendet, sodass die Einrichtung einer neuen Region schnell und einfach ist. Die Primer befinden sich im zentralen Teil der angereicherten Region, sodass mit dem System auch teilweise unbekannte Regionen angereichert werden können, was es für Regionen mit strukturellen Variationen, CRISPR-Genbearbeitung, Lückenschließung, variablen Viren oder Bakterien, Pseudogenen usw. relevant macht. Wir zeigen auch, dass das Xdrop™-System für die allgemeine, unvoreingenommene isotherme Amplifikation kleiner Mengen von DNA-Proben für jede Art von nachgelagerter Sequenzierung verwendet werden kann.